杭州市环境保护科学研究院（以下简称“杭州市环科院”）系杭州市环境保护局直属的从事环境科学研究的事业单位。前身是杭州市环境保护科学研究所，创建于1976年4月。杭州市环科院主要从事区域、流域环境问题的研究，承担国家、省和市各级环境科研任务，为杭州市各级政府部门环境管理和决策提供技术支持。杭州市环科院拥有一支学术水平较高、结构合理的科研队伍。杭州市环科院现有人员40余人，各类专业技术人员37人。其中，教授级高工4人，高级工程师16人，工程师11人，涉及环境科学、环境工程、生物学、生态学、化学、化工、地球化学、水文地质等专业。主要完成市环保局、市科委、市建委等下达的环境声学方面的课题、专项任务十余项。

2011年，杭州市环科院被认定为杭州市“院士专家工作站”，是全国地方环保系统唯一的“院士专家工作站”。2017年11月，杭州市环科院与北京市劳动保护科学研究所联合成立了“国家环境保护城市噪声与振动控制工程技术中心杭州实验室”，主要就双方共同关注的诸如大型活动（如亚运会）声环境保障、声环境功能区划分、地铁噪声与振动控制技术等热点问题，开展区域联合研究，定期开展学术交流活动。